自治区林业厅的主要职责是：
   （一）贯彻执行国家关于森林生态环境建设、森林资源保护和国土绿化的方针、政策、法律、法规；研究拟定自治区的方针、政策及实施办法，组织起草有关林业方面的地方性法规和规章，并监督实施。
　（二）拟定自治区林业发展战略、中长期规划和年度计划，并组织实施和监督检查；监督全区林业建设资金及其他有偿资金的管理和使用。
   （三）组织、指导森林资源（含经济林、薪炭林、用材林、防护林及其他特种用途林在内的天然林、人工林、次生林）的管理培育；组织实施天然林保护工程和生态建设工程；组织全区森林资源调查、动态监测和统计；审核并监督森林资源的管理使用；组织编制全区森林采伐限额并监督执行；监督林木、木材的凭证采伐与运输；组织、指导林地、林权管理并对征用、占用林地依法进行审核报批；负责森林资源有偿使用并监督林地合理开发利用。
  （四）组织指导植树造林和封山育林及平原天然林和河谷次生林的恢复发展工作；指导以植树种草等生物措施防治水土流失和防沙、治沙工作；组织协调防治荒漠化有关国际公约的履约工作；组织指导各类林业基地及工程项目的建设和林木种苗管理；指导国有林场（苗圃）、森林公园和花卉及林业工作站、监控站、护林站等基层林业工作机构的建设和管理。
  （五）组织和监督、指导全区陆生野生动植物资源的保护和合理开发利用；拟定及调整国家重点保护的野生动物、植物名录，报政府批准后发布；在国家级、自治区级自然保护区的区划、规划原则的指导下，指导森林和陆生野生动植物及湿地类型自然保护区的建设和管理；负责濒危物种进出口管理和国家、自治区保护的野生动物、珍稀树种、珍稀野生植物及其产品进出疆的审批工作；组织、协调有关国际公约的履约工作；按照管理权限主管猎枪弹具的销售和使用管理工作。
  （六）制定全区森林防火工作规划并组织、协调、指导监督全区森林防火工作；指导全区森林公安工作，管理森林公安队伍，负责协调、监督查处破坏森林资源和野生动物资源的重大案件；组织、指导全区森林病虫鼠害的防治、检疫工作。
  （七）研究提出全区林业发展的经济调节意见；监管国有林业资产；负责审批重点林业建设项目；指导林业基础设施建设，负责林业基本建设和技术改造项目的预审或审批；指导、监督林业系统财务工作，负责自治区各类林业基金的筹集管理和监督使用；会同有关部门负责林业工业产品质量、标准的监督管理。
   （八）指导各类商品林（包括用材林、经济林、薪炭林、木本药材、特种用途林）和风景林、花卉的培育。
   （九）组织指导林业科技、教育和外事工作；指导全区林业队伍建设。
   （十）承办自治区人民政府交办的其他事项。